Dieta Low FODMAP składa się z 3 faz:
- fazy I – eliminacyjnej
- fazy II – ponownego wprowadzania produktów z wysoką zawartością FODMAP tzw. reintrodukcji celem ustalenia poziomu tolerancji poszczególnych rodzajów FODMAP
- fazy III – wykorzystanie wiedzy zdobytej w trakcie reintrodukcji w codziennym życiu, tak aby nie doprowadzić do powrotu objawów zespołu jelita drażliwego
Faza trzecia, o której bardzo rzadko się wspomina, będzie najprawdopodobniej trwała całe nasze życie. Jest najbardziej zindywidualizowana, dlatego też trudno określić jakieś odgórne wytyczne.